Das Prämonstratenser-Reichsstift Obermarchtal finden sie im hoch über der Donau gelegenen Marchtal, nicht weit entfernt von Zwiefalten und Hayingen.

Die bestens erhaltene Klosteranlage  mit der doppeltürmigen Stiftskirche als zentralem Teil geht auf das Jahr 776 zurück, als die Nachkommen des Halaholf und der Hitta das von ihnen gestiftete Kloster des heiligen Petrus "Marhcthala" an Sankt Gallen übertrug.
Herzog Hermann II. von Schwaben und Gerberga, seine Gemahlin, errichteten vor 993 ein den beiden Aposteln Petrus und Paulus geweihtes Kanonikerstift, das bis 1171 Bestand hatte.

Die Neugründung des Stifts durch Pfalzgraf Hugo II. von Tübingen hatte zur Folge, dass das Kloster Mönchsrot 1171 zwölf Chorherren und eine Gruppe Chorfrauen nach Marchtal sandte. Nachdem 1204 bereits 20 Chorherren, 20 Laienbrüder und 40 Chorfrauen im Stiftsbezirk lebten, erließ Probst Konrad im Jahr 1273 ein Aufnahmeverbot für Chorfrauen. Dadurch starb das Frauenstift in den folgenden Jahren aus.

Die schwäbische Cirkarie, den Bezirks-Kreis der Prämonstratenser-Klöster, bildeten die Klöster Ursberg (1125), Rot an der Rot (1126), Weißenau (1145), Roggenburg (1130), Schussenried (1183), Adelberg (1178) und Mochental (1171).

Nachdem die Prämonstratenser einen größeren, bebauten Bezirk in Marchtal übernommen hatten, ließ Probst Meinhardt von 1204 bis 1208 die Ummauerung des Stifts- und Burgbezirks erneuern. Die alte Stiftskirche wurde von Probst Walther II. zu einer dreischiffigen, basilikalen Anlage erweitert. Bischof Heinrich I. von Konstanz weihte am 2. Mai 1239 die Kirche. 1440 wurde Marchtal zu einer Abtei erhoben und erhielt 1500 den Stand einer Reichsabtei. Um 1600 gehörten zum Herrschaftsgebiet des Stifts über 20 Besitztümer (Orte, Gehöfte und Klosterhöfe) in Reutlingen, Ehingen, Munderkingen und Riedlingen.

1674, nachdem der Dreißigjährige Krieg auch hier seine Spuren hinterlassen hatte, begannen die Planungen zum Neubau der Kirche, die dann 1701 geweiht wurde.
Abt Nikolaus übertrug die Bauarbeiten dem Vorarlberger Baumeister Michael Thumb. Nach dessen Tod übernahmen sein Bruder Christian und sein Vetter Franz Beer diese Aufgabe. Das entstandene Bauwerk, eine Wandpfeilerkirche, gilt als eines der besten Beispiele des deutschen Frühbarock.
Die Stuckdekorationen stammen von den Stuckateuren Michael Schnell, Christoph Zöpf und hauptsächlich von Johann Schmuzer, der von 1701 bis 1702 den Kapitelsaal und die Sakristei stuckierte. Guiseppe Antonio Morisi überarbeitete die Kirche 1776. Die 1784 erbaute Orgel stammt von Johann Nepomuk Holzhey.

In Folge der Säkularisierung kam im Dezember 1802 Fürst von Thurn und Taxis in den Besitz des Klosters, der es 1973 an die Diozöse Rottenburg-Stuttgart verkaufte. Die Diozöse baute dann die Klosteranlage zu einer Akademie für Lehrerfortbildung aus.  

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